【PHOENIX案例】在Phoenix中手工绘制VPC图

2018-08-09 19:43:15 来源:源资信息科技(上海)有限公司

新闻摘要:通过最近的3篇案例:《VPC视觉预测检验图(1)概念原理》,《VPC视觉预测检验图(2)在Phoenix NLME中绘制VPC图》,《在Phoenix中手工绘制VPC图》,我们了解了什么时VPC,如何再Phoenix中绘制VPC,如何手工制作VPC图,通过这一系列的练习,相比大家对VPC有了清楚的了解,如果大家想了解更多关于群体药代动力学的信息,可以持续关注源资信息科技官网与公众号,获取更多的案例,或者参与近期的培训班。

概览:

1.准备数据集

2.使用观测数据绘制散点图

3.使用观测数据绘制PI

4.将观测数据分段,绘制PI

5.通过模拟得到预测数据集

6.对数据集进行分段

7.使用预测数据集绘制PI


1. 准备数据集

1.1新建Phoenix项目,并导入示例数据,示例演示使用Phoenix NLME自带的示例数据集

“C:\Program Files(x86)\Certara\Phoenix\application\Examples\NLME\theopp.dat”

 


1.2为原始数据集新增计划采血时间列

因为原始数据集中的Time列是真实采血时间,这里我们添加一列计划采血时间列(这一步相当于我们对血药浓度数据进行了分组、分段)

 

 


2. 使用观测数据绘制散点图

2.1将数据集“C theopp”数据集发送至XYplot对象,之后将“time”映射至字段“X”,“yobs”映射至字段“Y”,并隐藏散点图中的线条,然后绘制散点图。

 


2.2结果

 

3. 使用观测数据绘制PI

3.1描述性统计

将数据集“C theopp”发送至描述性统计对象,之后将“yobs”映射至字段“Summary”,将“time”映射至字段“Sort”,并且勾选计算分位数,之后执行操作对象。

 


 


3.2增加图层

3.2.1将“描述性统计”的结果发送至Stacker对象,将“time”映射至“Carry”字段,将5%、50%、95%字段映射至“Stack”字段,然后执行操作对象。

 

3.2.2回到XYplot对象,依次点击Plot,Graphs,Add按钮来增加一个图层。

 


3.3导航至XYPlot对象的Setup子选项卡,单击新添加的图层的映射表格,之后单击选择数据源按钮,导航至Stacker的结果工作表,建立连接。

 

3.4映射字段

3.4.1接着将time映射至字段X,Value映射至字段Y,Parameter映射至字段Group;

3.4.2然后将新添加图层中数据的标识隐藏,并且不通过颜色区分线条,

3.5最后执行操作对象。

 


3.6绘制得到的图形

 


3.7为什么会得到这样的图形呢?

因为每个时间点仅对应1~3个数据点,随机性太大,难以从中获取到有用的信息,我们使用计划采血时间点,将数据中的数据进行分组,然后再进行绘制,这将会有很大的改善。


4. 将观测数据分段,绘制PI

4.1使用观测数据绘制PI

将数据集C theopp发送至描述性统计对象,之后将yobs映射至Summary字段,将ChangeTime映射至Sort字段,并且勾选计算分位数,之后执行操作对象

 


 


4.2数据整理

将描述性统计的结果发送至Stacker对象,将ChangeTime映射至Carry字段,将5%、50%、95%字段映射至Stack字段,然后执行操作对象。

 


4.3增加图层

4.3.1复制一个XYplot对象,将第二个图层的数据源指向Stacker对象结果列表。

 


4.3.2接着将ChangeTime映射至字段X,Value映射至字段Y,Parameter映射至字段Group;然后将新添加图层中数据的标识隐藏,并且不通过颜色区分线条,最后执行操作对象。


 


4.4绘制出的图形

 


5. 通过模拟得到预测数据集

5.1加载示例文件Theo_Model,然后选中项目文件中的最终模型“Partial Diagonal Model tlag”,5.2复制并粘贴该模型,并将名称更改为“VPC1”

5.3导航到该对象的“Run Options”选项卡下,将运行模式切换Wie“Sim./Pred/Check”,

#replicates: (重复次数)设定为10,然后执行该对象。


 

5.4不要关闭项目,将模拟得到的数据集用于后续步骤。


6. 对数据集进行分段

6.1合并观测与预测数据

6.1.1运行结束,在“Results”选项卡中导航至“PredCheckAll”报表,将该报表发送至“Join WorkSheets”

6.1.2将“Join WorkSheets”对象的第二个工作表与“C theopp”表格连接

6.1.3字段映射如下

 


6.1.4接着来到“Sort Map”表格,勾选使用内置工作表,

6.1.5修改表格内容至如图所示。

6.1.6执行操作对象

 


6.2结果

 


6.3对观测与预测数据进行描述性统计

6.3.1将JointWorkSheets的结果发送至描述性统计对象。

6.3.2将DV映射至Summary,ChangeTime映射至Sort

6.3.3勾选“Include percentiles”,计算分位数

6.3.4执行操作对象

 


6.4数据准备

6.4.1将描述性统计的结果发送至Stacker对象,将ChangeTime映射至Carry字段,将5%、50%、95%字段映射至Stack字段,然后执行操作对象


 

6.5结果

 


7. 使用预测数据集绘制PI

7.1复制之前的XY plot,

7.2在此新添图层,并使用Stacker对象的结果作为数据源,

7.2.1复制一个XYplot对象,依次点击Plot,Graphs,Add按钮来增加一个图层。

 


7.2.2回到Setup子选项卡,点击新添加的图层

7.2.3之后点击选择数据源按钮,导航至Stacker的结果工作表,建立连接。


 


7.3映射字段

7.3.1接着将ChangeTime映射至字段X,Value映射至字段Y,Parameter映射至字段Group;

7.3.2然后将新添加图层中数据的标识隐藏,并且不通过颜色区分线条,

7.3.3最后执行操作对象。

 


7.4绘制出的图形

 


7.5图片修饰

将标记符号大小调整为2,边框和填充颜色都更改为蓝色。

 


以上就是手工的方式绘制得到VPC图了,

如果不想要图中的哪一部分可以将其隐藏,比如将观测点隐藏掉。


软件信息

本案例使用的软件为:Phoenix8.0

所需授权为:PhoenixNLME


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