3D-QSAR模型的强化工具——Advanced CoMFA

在SYBYL的QSAR模块中提供了一个构建强大的从分子结构预测生物活性（或其他 性质）模型的基本工具。这其中包括了分子场的生成工具，最小二乘法（PLS，PCA和 SIMCA）和非线性（分级聚类）分析工具。使用Advanced CoMFA模块能拓展最强大的 这些技术和自动完成这些应用。这些专业分析工具能够捕获更多的与成功活性预测有关 的化学信息。Advanced CoMFA中专业的图形化工具能使与其他组员的结果分享变的更 简单，甚至到更大的科学团队中。

增强精确度和透明度

区域聚焦是一项新的技术能使您增强CoMFA模型的分辨率（降低格子间距）而不牺牲模型的预测能力。基本上，权重CoMFA区域中的格点能增强或削弱之后分析中它们的贡献。通过仔细的选择权重参数和聚焦锐度，PLS计算在很多更好的格点分辨率上比以 前变的更实用。同时区域聚焦从视觉图形中去掉了噪音，通过强调相应的场区域大大加强了图形的 透明度。

优化先导和数据库

对于一个CoMFA模型通过最佳取代基团的系统搜索能对先导化合物进行优化。 对于一个建立好的CoMFA模型使用随机，附加，穷举或文件跟踪的搜索模式能优化
组合库。

更好的聚类分析管理

Advanced CoMFA包含了更好的聚类工具能拓展分级分析。特别地，能在任何分辨 率水平上对一个树图进行“切割”生成分子表单（MSS）中的一列。制作一个分散的规定，这些聚类指数促使图形化地选点。聚类通过几个分辨率水平进行嵌套提供了一个局 部归类。在SYBYL的SelectorTM模块中的聚类项也可以用来自动选择。Advanced CoMFA 支持聚类成员的直接接入，也能直接输出成为分子表单。

Advanced CoMFA能使标准的立体场和静电场在局部聚焦描述出有利生物活性的最佳变化

优势

◆  更多的场类型和聚类管理工具
◆  提高薄弱模型的技术
◆  区域聚焦增强模型分辨率和视觉透明度
◆  加强分析结果的跟踪
◆  搜索组合库中潜在先导的能力

轨迹分析

Advanced CoMFA创建一个分析表格，并自动添加每一个新的分析。包括所有的结 果和参数，使得与其他不同分析的结果比较变的简单。包括了PLS，PCA，SIMCA和分 级聚类分析。

硬件和软件要求

Advanced CoMFA需要独立的License加上SYBYL/Base的license。Advanced CoMFA和SYBYL可以在IRIX®（SGI®）或Linux®(x86)系统的工作站上运行。

配套软件

Almond：计算和利用独立分子描述符的叠合
AMPAC：使用半经验量子化学方法计算过渡态和光谱性质
ClogP/CMR：在QSAR和ADME模型中包含摩尔折光率和logP
Confort：生成各种不同的低能构象
Distill：确定和可视化SARs
HQSAR：进行自动的QSAR分析
MM3/MM4：通过分子力学优化结构
QSAR with CoMFA：构建构-效和构-性关系预测模型
Selector：化合物数据库的表征和取样
Volsurf：预测ADME性质

参考文献

1. Bohacek, R. S.; McMartin, C. “Definition and Display of Steric, Hydrophobic, and Hydrogen-Bonding Properties of Ligand Binding Sites in Proteins Using Lee and Richards Accessible Surfaces: Validation of a High-Resolution Tool for Drug Design.” J. Med. Chem. 1992, 35, 1671-1684.
2.   Kroemer,  R.T.;  Hecht,  P.  “Replacement  of  steric  6-12  potential-derived  interaction energies by atombased indicator variables in CoMFA leads to models of higher consistency.” J. Comput.-Aided Mol.Design 1995, 9, 205-212.

简介：

The basic tools needed to build powerful, predictive models of biological activity (or any other property) from molecular structure are provided in SYBYL^®'s QSAR module. These include molecular field generation tools, least-squares (PLS, PCA, and SIMCA) and non-linear (hierarchical clustering) analysis tools. The most powerful of these techniques can be extended, and their application automated, using the Advanced CoMFA^® module. These expert analysis tools allow the capture of more chemical information pertinent to the successful prediction of activity. The expert graphics tools in Advanced CoMFA allow easier communication of results to other team members, and to the larger scientific community.

说明下载：Advanced CoMFA Brochure (551k)

Key Benefits

• More field classes and cluster management tools
• Techniques for improving weak models
• Region Focusing to increase model resolution and visual clarity
• Enhanced tracking of analysis results
• Ability to survey combinatorial libraries for prospective leads