Benchware 3D Explorer通过对三维化学结构的显示、注释、共享和实验能使科研工作者更有效地作出研究决定。高质量的分子图形,人性化的科学工具和完整的联系能力使得科研人员能够查看、理解和共享复杂的分子数据例如蛋白-配体晶体结构、对接结果、 分子比对、药效团和其他3D化学信息。Benchware 3D Explorer里包含的标准VBA脚本语 言又提供了可自定义和发布基于任务的界面及基于特殊组织研究需要的应用能力。
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可视化
◆ 可以导入和导出各种化学结构并支持多种文件格式(mol2, sdf, MDL mol, SMILES, PDB等等)
◆ 可直接从RCSB晶体结构数据库中导入数据
◆ 显示药效团和3D分子提问结构
◆ 在读取PDB文件时可抽取配体进行配置和设定原子类型
◆ 可从标准化学画图工具包中直接剪切和粘贴(Symyx Draw, MDL ISIS/Draw, ChemDraw)
◆ 最新水平的OpenGL图形
◆ 标准分子表现形式(线状、棍状、球棍状、球状、锥形棍状)
◆ 计算和显示分子表面和蛋白飘带
◆ 在分子表面和蛋白飘带上显示分子属性
◆ 可显示整个分子和空间区域上的电子密度和等值表面
◆ 可着重指示分子内和分子间的相互作用(碰撞和氢键)
◆ 全面的原子选择工具
◆ 硬件和并列式立体窗口的3D显示能力(包括支持Zalman LCD立体显示器)
◆ 高级显示管理器可以选择结构,生成亚群和建立模型
联系和整合
◆ 活灵活现的3D显示可导入到PowerPoint幻灯片中进行展示加深交互式的交流
◆ 在基于 Windows 的产品应用中可以实现标准的 OLE 复制和粘贴( Word, PowerPoint, Excel, Outlook, ChemDrawTM和MDL ISIS/Draw)
◆ 会议可以保存和邮寄甚至发布到整个组织
◆ 以标准分子模建包的形式读取和写入同一种文件格式
◆ 出版高质量的图形印刷品;直接以标准图象格式保存为大尺寸高分辨率的图象
◆ 可以在分子数据上保存和添加标题和观点
◆ 可以为Benchware添加内部/外部的超连接文本标题
◆ 3D Explorer作业和个人观点都能由文本格式完全控制
◆ 可从标准化学画图工具包中直接剪切和粘贴(Symyx Draw, MDL ISIS/Draw, ChemDraw)
◆ 可拖拉超文本连接(URLs)到Benchware 3D Explorer读取的文件中
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科学工具
◆ 个人结构、复合物及蛋白中的配体的结构最优化计算(Tripos或MMFF94力场)
◆ 蛋白结构比对和分子分类
◆ 小分子结构刚性比对和导入后自动比对
◆ 基于模板结构的小分子柔性比对
◆ 与Symyx Draw和Chemdraw中的2D分子编辑和构建高度整合
◆ 分子性质计算
分子编辑
◆ 使用3D画图工具创建新分子结构
◆ 独立或在蛋白中编辑已有分子结构
◆ 完整的结构编辑功能:原子/官能团添加,原子/化学键类型改变,旋转化学键, 改变手性中心,自动最优化,几何测量,结构抽提等等
◆ 直观的界面——3D 编辑器的设计尽可能的与化学家常用的画图软件相似(ChemDrawTM, MDL? ISIS/Draw)
◆ 在3D编辑中快速计算Lipinski性质

发展和传输
◆ 所有的Benchware 3D Explorer功能都能接入VBA
◆ 优秀的设计和完整的对象模型能够很好地操控VBA脚本的应用
◆ 表单、图形和web浏览器组件都能接入VBA
◆ 大量的记录和重现能力
◆ 化学结构文件和其他数据例如表面、场或者VBA脚本都能从远程的机器上通过ftp或http协议加载
◆ Benchware 3D Explorer的COM组件能接入很多外部程序语言例如Visual Basic, C++, C#, Python和其他支持COM的语言
◆ 在整合其他应用程序时能包含ActiveX控件
◆ 支持高速VBA代码产品的VBA整合发展环境(IDE)
系统需求
◆ Pentium III或Athlon 1.0 GHz处理器或以上(推荐1.5GHz)
◆ 128 MB内存(推荐256MB)
◆ 50 MB磁盘空间
◆ Windows兼容的显卡 更高的内存和处理器速度将发挥更好的性能。
要最大的发挥Benchware 3D Explorer的性能需要硬件加速OpenGL显卡。 立体窗口的显示还需要使用特殊的立体眼镜,发射器,立体图象适配的显卡和一个 高刷新率的显示器(推荐118Hz或更高)或者使用Zalman立体LCD。
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