WinNonLin 是药代动力学（PK）及药效学（PD）建模及非房室模型分析的工业标准，它可用来进行所有的虚拟分析并产生PK及PK/PD研究的所有图形，表格及清单。它直观的界面及灵活的框架使得用户能很容易地应用其强大的功能，并且也能与其它的软件及硬件进行无缝的连接。WNL包含一套统计分析系统用于进行交叉或者并行临床试验研究及非平衡设计的参数分析，它可分析回归模型及协方模型，这些功能可计算连续离差平方和及平均数的加权平方（部分的）。另外，它也包含使用用户定义的误差项的最小均方，参数估计及F检验法。 WinNonlin的平均生物等效性，群体生物等效性，个体生物等效性分析方法完全符合FDA的规范，FDA自1998年起，95％受理的新药是采用WinNonLin进行分析的。

GeneGo公司开发的系统ADME/Tox技术平台MetaDrugTM整合了信号通路为中心的数据库、各种组学为基础的模型和配体为基础的定量构效关系（QSAR）模型，能综合来自毒理基因组和代谢组的各种预测结果并获得交叉验证，可以预测小分子新化合物可能的适应症、脱靶效应（off -target）以及潜在的毒性靶标，并且可以在受到该化合物及其代谢物干扰的通路、细胞过程、毒性以及疾病网络中识别、观察到有潜力的新靶标，为药物研发早期阶段评价候选物的代谢与独立特性提供有力支持。它包含几十万药物、先导化合物、外源物质与内源物质代谢物的数据，683张描述关键生物学过程以及药理与毒理作用模式的权威通路谱图，400张描述与毒理作用相关的药物干扰过程的网络谱图，疾病专用网络，蛋白－蛋白与蛋白－DNA信号相互作用。

ACD/Labs公司的ADME与Tox软件包用内嵌的模型预测化合物众多性质。ACD/ADME Suite包括：被动吸收（包括）预测被动吸收（包括肠内吸收，caco-2体外模型，透皮吸收等）、预测药物的口服生物利用度、不同生理pH下的溶解度，pKa，LogD等物化性质、计算Abraham溶剂化参数、预测血浆蛋白结合率及平衡结合常数、预测多种物理化学性质，包括TPSA，可旋转键数目，H键给体，H键受体等；ACD/Tox Suite可以预测药物引起心脏毒性的可能性、预测遗传毒性，及早识别具有潜在致癌性的化合物、预测六种不同动物体系中的LD50，以及LC50、预测化合物在不同器官中的副作用、通过Draize test预测化合物引起眼睛和皮肤刺激的潜在性、预测化合物与雌激素受体的结合力。

设计出来的化合物被合成后，将采用如核磁共振技术、质谱、色谱及多种串联技术进行结构和纯度鉴定。尤其是NMR及LC-MS被越来越多的用于药物及其代谢物的结构鉴定、代谢途径归属、定量分析以及药物与内源性物质相互作用的研究等。

ACD/Labs是一家将化学结构与分析化学信息进行有效结合进而产生全面分析化学管理系统的化学软件公司。 ACD/Labs的光谱系列软件为化学结构确认、分子结构解析和化学分析提供完整的解决方案。光谱系列软件的分析技术包括1D和2D NMR、MS、UV-Vis 、IR和Raman等，这些软件可以共同使用进行有效的化学结构鉴别。 此外，化学统计学和先进的算法工具可以帮助科研人员进行质谱裂解预测、化学结构的多元化分析、未知物结构鉴别以及其他复杂的工作。ACD/Labs的色谱系列软件为从事分离的科研人员提供了最高效的分离指导技术和强大的数据检索功能，它从结构出发来预测保留时间、起始分离方法以及模拟新化合物的分离。同时它独特的以化学结构为基础的谱图检索功能使分析人员在最短时间获得对其相关分离信息的全面了解，从而获得最佳液相和气相分离条件。

SYBYL是大型专业的药物设计与分子模拟软件，有近五十个模块组成，涵盖药物设计的各个方面，包括：基于受体的分子对接和虚拟筛选、从头药物设计；基于配体的定量构效关系、药效团建模和虚拟筛选、基于配体的虚拟筛选；生物大分子同源模建；组合库设计和优化；化合物管理等诸多方面。支持Windows操作系统，自带编程语言，可以进行二次开发。

Genego公司开发的Metacore分析平台是一个独特的、有专利保护的、高质量的人工修正数据库，包括各种蛋白－蛋白和蛋白－DNA相互作用网络、转录因子、信号转导和代谢反应通路、药物信息、内源性的代谢物以及其它生物活性分子的数据。其中有几十万个蛋白相互用，并标记蛋白作用方向和机制，包含几百万个基因、蛋白和化合物数据库，700余种人工修正过的通路图谱，40000余种代谢反应，3122种药物信息，900余种转录因子，5000余种内源性的代谢物，800000种化合物。此外，它还整合了一系列的“数据挖掘”工具包，支持多种数据的检索、交换、分析和结果的可视化，提供多种网络构建算法，可构建蛋白-蛋白、蛋白-DNA、蛋白-小分子相互作用网络，代谢网络，转录调控网络等。通过该平台，可以对各种类型的高通量实验数据进行功能分析，为查找全新的药物作用靶点（如某些靶分子的组合，某些信息通路，在功能关联或信息通路上与疾病有关的基因、蛋白或多者的结合等）提供有力的信息学支持。