化合物库

筛选化合物、医药中间体、天然药物
遍布于全世界的大学和研究所中的化学学术研究小组是各种新颖、特殊化合物的制造者。我们购买这些特殊化合物并提供给创新医药研发人员。所有样品都经过严格的质量控制（1H-NMR、LC-MS），并可以提供电子版的分析谱图。样品可以根据你们的需要以粉末瓶装的方式提供，也可以制成96孔或384孔板以DMSO溶液或干膜的形式提供。

化合物库管理

我们可以在客户现场或在Specs公司为您提供完整的化合物库管理服务，包括化合物结构的登记、称重、标签、质量检测、制板、运输和存储等。

化合物代理采购

Specs拥有二十多年的化合物全球采购的丰富经验。如果您需要购买的样品分属于多个供应商，我们可以为您提供代理采购的服务。您只需把拟购样品的详细信息告诉我们，我们就可以为您从不同的供应商那里把您需要的样品采购回来，统一包装邮寄给您，免除您与多个供应商打交道，并多次付款的麻烦。

化学信息服务

我们可以利用我们拥有的化学信息统计相关的工具为您量身定做化合物库，可以是多样性的，也可以是您需要的某一靶向方面的化合物。

Specs实验室

Specs实验室拥有优秀的研究团队和先进的仪器设备，可以为您提供各种定制合成和合同研究等服务。

SPECS数据库下载地址：ftp://114.80.217.202
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    Amber（Assisted Model Building with Energy Refinement）这个名词通常涉及两个产品：一个是一套生物分子模拟的分子立场；另一个是由TSRI&UCSF发布的包含代码和演示的分子模拟软件包，由AmberTools和Amber组成，当前最新版本为AmberTools1.5和Amber 11，Amber是一个多个程序的集合包，大约包含50多个程序，相互协调工作。

主要的程序有：

sander：Simulated annealing with NMR-derived energy restraints，用来自NMR的能量限制模拟退火。可以基于来自NOE的距离限制和扭转角限制、基于化学位移和NOESY值的性能损失函数，进行NMR的精细化。Sander也是用于分子动力学模拟的主程序，并且支持QM/MM(量化/动力学)运算。
nmode：使用一阶和二阶导数信息进行简正模式分析的程序，用于寻找局域最小值，进行振动分析，寻找过渡态。
LEaP：X-window程序，用于基本模型，AMBER坐标和参数/拓扑文件的创建。它包含分子编辑器，可以创建氨基酸残基并对大分子进行修饰。
antechamber：该程序套件对大多数有机分子和金属配位中心自动产生力场描述。它从结构开始（通常是PDB格式），产生LEaP可识别的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的Amber力场一致，另外还可以和高斯兼容，生成高斯计算的输入文件用于量化计算。
ptraj和carnal：用于分析MD轨迹，计算参考结构的RMS偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散特性，等。
mm_pbsa：脚本，对MD轨迹自动后期处理，用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到不同的氨基酸残基片断中去，并估算不同构像之间的自由能量差。
pmemd：这是一个在sander基础上进行重大修改的程序（最初由Bob Duke发起），用于优化周期性、PME模拟以及GB模拟过程。新版本Pmemd的计算速度要比Sander快，而且更适用于并行。此外，11版新增NVIDIA GPU加速，因此，它通常是一可选程序，除非你需要的选项它不支持。在新版模型中，我们可以理解为：sander是研究新的性质的有效手段，pmemd如同“生产”的代码，是实现Sander最常用的一个行之有效的工具，在高性能环境中表现良好。
ptraj：这是用来分析MD轨迹，计算的各种数据，如：相关结构的均方根偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散行为等等。

9.0版的新增功能：

◆  力场：新增多种新的力场类型，包括：对已有的f99和ff02蛋白质力场进行的升级，对肽和蛋白质的扭转参数做了改善；新的联合原子力场，使用与ff03全原子力场类似的驱动体系；扩充了gaff力场，增加了分子的适用范围，特别是对共轭体系；支持Ren和Ponder的AMOEBA极化势；半经验的价键模型，可用于对化学反应构造近似的势。
◆  QM/MM模拟：QM/MM支持气相、隐含液相，以及周期边界条件模拟，体系的QM部分可以来自半经验方法，如MNDO，AM1，PM3，或PM3/PDDG。与早期版本相比，QM/MM改善了精度、能量收敛及程序的性能。气相或溶剂层的QM/MM模拟还可以用MNDO/d或SCC-DFTB哈密顿量。对已几百个原子的大型量子区，可以使用分而治之的线性标度方法，化学位移可以从半经验波函计算。
◆  广义Born模型：成对的分子体积校正，对于分子表面Poisson-Boltzmann和显式溶剂结果的符合程度，比以前的Amber GB模型更好。
◆  升级了Poisson-Boltzmann应用程序，包括：新的非键程序；基于显式溶剂自由能模拟，重新优化的原子空穴半径；改善了静电势显示选项；以及新的非极化溶剂模型用于直接处理弥散相互作用，可以极大地改善显式溶剂中非极化溶剂自由能的关联。
◆  拉皮筋的模拟方法，用于搜索复变换中的近似过渡态。自动导向的Langevin动力学方法可以加速构象搜索。
◆  路径积分分子动力学模拟，对核运动使用量子动力学而不是牛顿方程，用于简化平衡正则分布。
◆  用Jarzynski等式，从非平衡“靶向”或“拉伸”模拟估算自由能。
◆  升级了仿形交换方法，包括改善了标准仿形交换代码，并支持一些新的仿形交换方法，其中使用混合溶剂模型，对显式溶剂中的大体系可减少所需的仿形数量。
◆  对扩充的程序pmemd在速度和并行标度方面的一般改善，现在包含了广义Born功能。
◆  sander，pmemd和ptraj现在支持NetCDF二进制轨迹文件。与格式化的轨迹文件相比，二进制轨迹文件更小，精度更高，读写速度更快。NetCDF为文件可移植性提供了交叉结构，允许格式向下兼容，并使文件自说明。VMD1.8.4支持此文件格式。

10.0版的新增功能：

◆  力场：多种新的力场类型，包括新的水及离子模型；更新了核酸和碳水化合物的参数；并行支持AMOEBA极化势；改善了经验价键模型，可用于构造化学反应的近似势。
◆  QM/MM模拟：可以在周期溶剂箱中或用广义Born溶剂模型进行DFTB计算；代码更快并实现并行化。
◆  自适应偏置模拟可用于加速取样和自由能的收敛。
◆  路径积分分子动力学模拟，对核运动使用量子动力学而不是牛顿方程来进行平衡正则分布取样。通过对质量的热动力学积分，可以估计平衡同位素效应和和动态同位素效应。用量子瞬时模型估算速率常数，可以用环形聚合物MD或中心MD方法计算近似的量子时间关联函数。
◆  在ptraj中提供了一套新的构型聚合工具。
◆  新的自由能工具可以简化蛋白质突变的设置，可进行单、双拓扑。软芯势工具可用于有原子出现或消失的取样，不用创建虚原子。
◆  更新了复制交换方法，包括：改善标准的复制交换代码，支持非波尔兹曼热库的交换方法；使用杂化溶剂模型减少溶剂中大体系所需的复制数量。
◆  显著改善了扩展pmemd程序的速度和并行标度，现在包含了广义Born热容，支持偏中心电荷（与在TIP4P或TIP5P中相同）。
◆  完全包含了低模式（LMOD）搜索工具，它基于低频简正模式。

11.0版的新增功能：

◆  力场：支持大部分CHARMM的固定电荷立场，包括CMAP扭转势能。此外，GAFF得到了更新，使普通的Amber立场适用于有机分子。
◆  一种新的生成溶剂化模型的参数化方法，可用于多肽和蛋白质的优化。
◆  扩展用于Poisson-Boltzmann溶剂化数值计算的选项。
◆  基于Kovalenko-Hirata以及其他的相关近似，可采用3D-RISM积分模型评估溶剂化影响。
◆  新整合了Chimra可视化程序和UCSF DOCK程序。
◆  自由能计算方法通过改变哈密尔顿模型使之简化，同时包括原子的更好呈现和隐藏。
◆  Amber 11包含了一个新的弹性键模型工具，目的是找出构象变化过程中低能路径，它只用于体系的某一部分或者在确切的溶剂模拟过程中。
◆  更新了恒定PH模拟脚本和MMPB/SA自由能计算脚本。
◆  新增了各向同性总和模型的“极性”版本，以及IPS-DFFT接口。
◆  cards 进行 pmemd 动力学模拟的速度要比传统的 CPU 的快很多。

以下是该产品的新特点：

◆ 面向任务的用户操作界面（Ribbon-based User Interface）
◆ 实验数据的垂直显示
◆ 完全支持拖放操作

    
    面向任务的用户操作界面使得E-Notebook能与微软的office套件兼容，基于E-Notebook与微软办公套件word、excel和powerpoint之间的无缝接合，用户可以方便地采用类似于微软办公套件中面向任务和简单拖放的操作方式来管理实验数据。
科研工作者可以把实验数据整理成一个独立的、连续的文档，也能将一个独立的实验单独作为单个文档展示。同时系统也支持经典的标签式视图，可以根据个人偏好自由选择。

    用户可以通过简单的拖拽操作添加实验数据到相应的实验中。E-Notebook能自动识别数据类型，并且合理地添加数据到实验项目中，其它内容在E-Notebook中也能通过拖放操作来实现。
    E-Notebook还引人了一个全新的用于研究疫苗的工作流模块，疫苗研究模块是E-Notebook中支持特定学科科研工作流程的一个全新的模块。疫苗研究模块由捕捉窗口、过程设计监测以及动物模型免疫应答研究三个部分组成。科研工作者可以利用特定的窗口去捕捉描述动物来源信息；动物房设施和饲养信息；动物按处理方式的分组信息；以及对于每一类特定的给药剂量和治疗计划；其余的窗口可以捕捉对应于每一个特定研究认务的信息，包括称重、注射和抽样。预设好的仪表板可以使工作人员快速查看分配给他们的任务，而管理者可以实时的存取项目或者查看实验水平的状态报告。

    疫苗研究模块也包含数字签名流程，全面支持实验数据全面追踪和知识产权保护。E-Notebook的审计功能可以全面捕捉的实验数据和实验操作，同时都能在实验历史中对数据和操作进行追溯。
    该版本的新功能集中在生命科学的工作流程中。和采用化学家熟悉的化学结构来组织和整理数据不同，生物学家习惯采用形式自由的数据（例如txt和表格）来整理和归纳科研工作。E-Notebook13.0主要面向采用文档、表格和图片的工作流程，极为适合生命科学和医学领域的专家。

◆  dProperties可提供基于性质计算的过滤器，可去除化合物中不可能成立的键联和不恰当的元素，生成sdf文件和制表文件，可直接导入电子表格的进行后续计算分析。

◆  支持多种格式的输入文件，如：MDL、SYBYL、HyperChem、Macromodel、Smiles、CML（Chemical Markup Language），模拟过程中不限制分子数目和原子种类。且为了方便的下载和即时处理分子结构信息，将其储存成不同格式的输出文件。

◆  分子可视化窗口可动态展示用于计算分子描述符的分子结构。

◆  即将开通完整特性列表的在线查询功能。

    DRAGON是一款高效计算分子描述符的模拟软件，主要用于评估分子的构效关系（QSAR/QSPR）、相似性分析和高通量分子数据库的筛选等。最新版本DRAGON 6可计算近5000个分子描述符，是目前可计算分子描述符最全面的模拟软件。新增的大量分子描述符和分析筛选新工具使其在计算和分析中的应用更强大，不仅可计算最简单的原子类型、官能团或分子片段，也可计算多种拓扑和结构描述符，同时，还可以计算多种类药和先导化合物的Lipinski预警指数。此外，可通过在线支持获取完整的分子描述符计算。

 
特点及优势：

	软件特点	计算优势
1 2 3 4 5 6 7	输入文件格式多样化 数据统计分析图形化 更直观的可视化窗口 更柔和的命令行界面 更高效的描述符计算 更便捷的主成分分析 更强大的项目和模块功能	4885个分子描述符 29个分子描述符模块 不限计算过程中的分子个数 不限一个分子内的原子个数 不限单个原子的键联数 7个原子权重项 200个自定义变量

操作平台：

DRAGON 6作为最新版本，其适用于Windows和Linux两种操作平台，焕然一新的Windows操作系统下的图形界面使用户计算过程更加便捷。而且，DRAGON 6可进行高效的批处理运算。

    ToxHunter是GeneGo-Pharma-FDA合作开发的全面系统毒理学分析系统，用于化合物和药物安全性评估。应用领域包含先导化合物的发现和优化，分子和系统毒理学，生物标志物的鉴定和验证。ToxHunter为科学家提供了知识和工具，分析各种化合物诱导产生的分子毒性数据，以及他们的潜在副作用。

主要特点

◆    构建了全面的病理和临床药物副作用分类体系。与毒性终点相关的基因，蛋白，化合物和小分子生物标志物都有详细的文献参考和注释，能够在多水平，多层次进行分析

◆    包含详细的各种肝脏，肾脏和心脏毒性内容

◆    可进行搜索的毒性相关的数据库

◆    构建了毒性特异性的通路图谱，并根据毒性的机制分配到不同的生物分类体系

◆    能够分析生物芯片数据，并能够自动转换蛋白和代谢物的ID

◆    新的GeneGo毒性标记物基因富集功能

◆    富集分类包含生物功能，疾病标记物，药物靶点作用网络，代谢网络等等，全面分析化合物处理后所诱导的生物学效应

◆    包含目前最好的分子相互作用数据库，以及多种分析工具用于实验比较，网络构建，Interactome analysis等

◆    简单易用的工作流用于分析各种系统毒性疑问，并自动生成结果报表

　　
VASP是Vienna Ab-initio Simulation Package的缩写,它是使用赝势和平面波基组，进行从头量子力学分子动力学计算的软件包，它基于CASTEP 1989版开发。VAMP/VASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似（用自由能作为变量）以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题，而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。离子和电子的相互作用超缓Vanderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PAW)方法描述。两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。力与张量可以用VAMP/VASP很容易地计算，用于把原子衰减到其瞬时基态中。

主要功能

• 采用周期性边界条件(或超原胞模型)处理原子、分子、团簇、纳米线(或管)、薄膜、晶体、准晶和无定性材料，以及表面体系和固体 　
• 计算材料的结构参数(键长,键角,晶格常数，原子位置等)和构型 　　
• 计算材料的状态方程和力学性质(体弹性模量和弹性常数) 　　
• 计算材料的电子结构(能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF) 　　
• 计算材料的光学性质 　　
• 计算材料的磁学性质 　　
• 计算材料的晶格动力学性质(声子谱等) 　　
• 表面体系的模拟(重构、表面态和STM模拟) 　　
• 从头分子动力学模拟 　　
• 计算材料的激发态(GW准粒子修正)

编辑本段程序亮点

　　
1. VASP使用PAW方法或超软赝势，因此基组尺寸非常小，描述体材料一般需要每原子不超过100个平面波，大多数情况下甚至每原子50个平面波就能得到可靠结果。 　　
2. 在平面波程序中，某些部分代码的执行是三次标度。在VASP中，三次标度部分的前因子足可忽略，导致关于体系尺寸的高效标度。因此可以在实空间求解势的非局域贡献，并使正交化的次数最少。当体系具有大约2000个电子能带时，三次标度部分与其它部分可比，因此VASP可用于直到4000个价电子的体系。 　　
3. VASP使用传统的自洽场循环计算电子基态。这一方案与数值方法组合会实现有效、稳定、快速的Kohn-Sham方程自洽求解方案。程序使用的迭代矩阵对角化方案（RMM-DISS和分块Davidson）可能是目前最快的方案。 　　
4. VASP包含全功能的对称性代码，可以自动确定任意构型的对称性。 　　
5. 对称性代码还用于设定Monkhorst-Pack特殊点，可以有效计算体材料和对称的团簇。Brillouin区的积分使用模糊方法或四面体方法。四面体方法可以用校正去掉线性四面体方法的二次误差，实现更快的k点收敛速度。

VASP 5.2的新功能

　　
1. 大规模并行计算需要较少的内存。 　　
2. 加入新的梯度校正泛函AM05和PBEsol；用标准PBE POTCAR文件提供新泛函；改善了单中心处理。 　　
3. 离子位置和格矢中加入有限差分，从而得到二阶导，用于计算原子间力常数和声子 　　（需要超晶胞近似），和弹性常数。计算中自动考虑对称性。 　　
4. 离子位置和静电场中加入线性响应，从而得到二阶导，用于计算原子间力常数和声子 　　（需要超晶胞近似），Born有效电荷张量，静态介电张量（电子和离子贡献），内应变张量，压电张量（电子和离子贡献）。线性响应只能用于局域和半局域泛函。 　　
5. 精确的非局域交换和杂化泛函：Hartree-Fock方法；杂化泛函，特别是PBE0和HSE06；屏蔽交换；（实验性的）简单模型势GW-COHSEX，用于经验的屏蔽交换内核；（实验性的）杂化泛函B3LYP。 　　
6. 通过本征态求和计算含频介电张量：使用粒子无关近似，或通过GW的随机相近似。可用于局域，半局域，杂化泛函，屏蔽交换，和Hartree-Fock。 　　
7. 完全含频GW，速度达到等离子极点模型：单发G0W0；在G和W中迭代本征矢直至自洽；（实验性的）迭代G（也可以选W）本征矢的自洽GW；（实验性的）对相关能使用RPA近似的GW总能量；用LDA计算G和W的顶点校正（局域场效应），仅能用于非自旋极化的情况；（实验性的）W的多体顶点校正，仅能用于非自旋极化的情况。 　　
8. 实验性的功能：用TD-HF和TD-杂化泛函求解Cassida方程（仅能用于非自旋极化的Tamm-Dancoff近似）；GW顶点的Bethe-Salpeter（仅能用于非自旋极化的Tamm-Dancoff近似）。

主要特点

◆  与FDA合作开发，模型与美国FDA及欧盟REACH 法规指令相匹配
◆  用超过5000个化合物的训练集建立的专家系统模型，可显示毒性片断
◆  包含超过260个模块，涉及到毒性测试的各种毒性终点的预测
◆  每个模块的毒性Alert都亮显出来
◆  多模块同时操作，速度快，多个模型生成预测结果
◆  建模的毒性数据来源广，数量充分，质量可靠。
◆  预测通量大、 投入少、成本低、 效率高、准确率好、无任何试验或环境污染等优良特质

      Genedata Analyst能和Genedata公司的Phylosopher，Screener 和 Expressionist系统进行无缝整合，以满足药物研发过程中诸如药靶发现，先导化合物及生物标记物发现等研究后期所需的各种统计分析需求。
      Analyst为用户提供了一个强大的数据挖掘平台，能满足从靶标鉴定，各种实验数据分析，先导化合物优化以及临床前药效和毒性实验所需的各种级别的数据挖掘需要。还为用户提供了开放式的 API 接口，方便客户根据自身需求实现算法扩展或者跨平台数据交流，打造一个与时俱进的个性化数据分析平台。

可视化数据挖掘平台

为整合注释生命科学数据度身定做；

互动式工作流设计平台

根据项目需要制定最佳分析方案，轻松整合并自动运行各类统计分析方法让实验人员轻松变身统计学专家；

卓越的可扩展数据管理平台

轻松应对亿万级别高通量数据点支持各项目小组成员同时在线设置项目，分析数据，实现对项目的统一管理和监控；

跨学科数据处理整合平台

完美支持芯片，质谱，测序以及高通量，高内涵数据。

Genedata Analyst平台为您解决各种学术难题：
◆  靶标的发现和验证
◆  生物标记物的发现
◆  毒理分析和毒性预测
◆  诊断数据分析
◆  疾病分型
◆  先导化合物的毒性优化和药效优化
◆  单株产量和抗性优化

    Refiner MS是 Expressionist平台中专门处理各种质谱数据的专业模块。通过和其他Refiner模块以及Genedata Analyst的无缝整合，用户能轻松的将研发部门的工作流功能拓展至样品数据管理，统计分析，生物学标记物的发现，生物学意义的预测和阐述等各个领域。

高效自定义全自动化工作流

◆  真正实现高通量质谱数据分析
◆  全面兼容各家质谱平台
◆  一站式从数据预处理到生物意义阐述

实时动态可视化界面

◆  数据分析方式的革命性进步
◆  全程监控数据的质量控制和分析流程

针对高通量数据设计的全新算法

◆  普通工作站发挥机群的效用
◆  能同步处理上千张谱图 
 
强大的数据支持

◆  LC-MS, LC-MS/MS, MSn
◆  GC-MS
◆  Labeled & label-free MS
◆  Ciphergen SELDI
◆  MRM & Infusion MS

    Refiner Array是Expressionist平台中专门处理芯片数据的模块。通过和Expressionist平台的其他模块以及Genedata Analyst一起连用，用户可以更便捷的进行实验设计、样品管理、数据分析、生物意义阐述等相关的研究工作。Genedata卓越的技术将引领我们进入真正的高通量自动化时代。

核心技术

•    先进的芯片质量控制及归一算法
•    通过专业认证的标准化及自定义工作流工具让您轻松应对高通量
•    实时可视化界面最大限度简化软件操作

Refiner Array能全自动发现以下各类质量问题： 
•    不充分洗涤引起的背景信号问题
•    芯片表面划痕
•    杂交过程中因为温度梯度对最终信号的影响
•    各类图像失真
•    扫描仪参数设置不当或过量标记导致的问题
•    特定技术参数设定不当引起的问题：
      — Affymatrix 3’/5’端参照基因比例
      — 判断RNA质量的相关参数
      — 控制富集过程的相关参数

Genedata Expressionist

    Genedata Expressionist®是专业的生物标记物发现软件平台，为广大研究者提供从数据上传、预处理、基础分析、高级统计学分析到专业报告的一站式个性化软件服务。Genedata应用强大的数据库管理系统，整合先进的数据处理算法，全面支持来自包括芯片平台，质谱平台以及测序平台的各种高通量数据处理和专业分析。

产品特点

◆  连接生物学和统计学的桥梁
◆  实时可视化管理
◆  提高数据价值
◆  数据安全性和完整性
◆  高性价比
◆  开放和可扩展的架构
◆  定制服务

    Genedata Screener是世界上最先进的先导化合物发现数据分析和管理平台。其卓越的性能，高效的算法，直观的用户操作界面，为先导化合物研究者提供了一种处理大量复杂的实验数据的有效方法。无论是特定的化合物活性实验、量效关系、动力学实验，还是超大量的高通量筛选数据、高内涵筛选产生的图像数据，都能在Genedata Screener平台中进行高效的独立或者交叉分析。开放式的软件构架使得Genedata Screener能和任何系统平台进行无缝整合，帮助用户在其熟悉的工作环境中迅速提升工作效率。

    Genedata Screener提供五种专业模块：Assay Analyzer，Kinetics Analyzer，High Content Analyzer，Condoseo和Hit Profiler，分别针对高通量筛选，酶学实验，高内涵筛选，量效关系以及先导化合物综合筛选等相关实验产生的海量数据。

    Genedata Screener 能快速完成对高通量海量数据的分析，并通过多用户数据共享平台对数据进行有效的管理。只需几分钟，就能完成以往需要几天甚至上月的数据分析和结果报告工作，并得到更高质量的结果，保证不浪费任何实验数据。

◆  支持各种实验数据
◆  简易工作流操作
◆  自动标识低质量的数据
◆  全局互动式图形操作界面
◆  自定义跨平台复杂条件筛选模型
◆  多用户数据共享平台
◆  自动专业报告生成系统
◆  开放式API接口

    Database Explorer先进的数据管理和共享平台，完美整合各模块数据分析结果，支持专业报表的自定义和自动生成。全面满足企业多部门多用户不同的癿数据分析和访问需要。

    Hit Profiler化合物跨平台复杂实验数据整合分析和先导化合物筛选平台。
    Hit Profiler是Genedata公司联合其工业界的合作伙伴们共同开发的一个操作简单、功能强大的专业性数据筛选平台。Hit Profiler能高效系统的整合化合物来自不同实验平台的特性，并自定义筛选模型，实现从线索分子(HIT)到先导化合物的高效筛选。

平台特点：

◆  全面的数据可视化界面
◆  强大的自定义计算模型设计工具
◆  表单式复杂数据展示比较窗口
◆  直观的筛选规则自定义工具

    Condoseo高通量高效的药物量效关系曲线拟合分析平台。
    Condoseo是Genedata公司针对量效关系这个问题而开发的一款专业数据处理软件，具有自动分析高通量量效关系数据和预测功能，自动生成专业报告，显著减少分析时间，提供分析结果质量，从而有效的发挥从人力到资源的潜能，支持高效的药物研究。 Condoseo使大规模化合物性质研究成为可能：分析处理上千条量效曲线(Dose-Response Curves)仅仅需要几分钟，精良的算法大大简化了从前费时费力的数据分析流程，先进的可视化工具帮助您轻松的完成结果比对和拟合等复杂而枯燥的统计分析。

平台特点：

◆  精确的自动拟合算法
◆  高效药物量效关系数据处理平台
◆  互动式可视化界面
◆  开放式的智能数据管理和报告系统

    High Content Analyzer支持所有高内涵(HCS)筛选数据，强大的图像解析和统计分析平台。
    High Content Analyzer 是 Genedata 公司针对高内涵研究中存在的各种数据处理瓶颈问题，与该领域相关的药厂，生物技术公司以及学术单位一起合作开发的专业软件平台，能帮助用户对庞大的高内涵数据进行有效的管理和分析。
    High Content Analyzer 具有强大的数据处理能力，简洁明了的操作界面，革命性的数据可视化视窗和先进的数据分析工具等独一无二的特点，能帮助用户轻松的完成精准的生物活性定量定性分析，取得高质量的结果。

 
HCS 数据管理和分析平台

◆  全程关联结果和原始数据，提高对结果的验证效率；
◆  快速对多参数复杂数据进行散点图和直方图等统计分析，方便用户直观的了解数据的整体特性；
◆  支持对工作流中已定义的筛选条件进行即时添加修改或删除，快速进行条件优化，保证筛选质量；
◆  即时了解各种参数变化对结果的影响，同时对一组或多组数据进行图形化的审查和统计分析，从而大大提高结果的可靠性；
◆  一键生成带详细说明的筛选结果列表；
◆  完整记录数据分析的步骤、说明、中间结果以及最终结果，方便用户进行意见交流和数据共享。

互动式全可视化操作界面

◆  High Content Analyzer 支持所见即所得，直观的揭示数据中存在的问题并通过不同颜色进行标识；

◆  支持数据“点播”，用户能在全局数据视图中随时对任何数据进行选择，放大以及归类分析等一系列相关操作；

◆  自动排除问题数据，提高结果质量；

◆  快速直观的揭示图像数据和微孔数据间的关联。

无缝整合仪器和数据库

◆  支持各种仪器平台产生的细胞图像和实验原始数据； 

◆  整合现有数据库，对实验数据进行优化管理和分析； 

◆  开放式API接口，支持功能拓展。

    KineticsAnalyzer作为高效的时间序列曲线拟合和动力学趋势分析平台支持所有基于微板的时间序列实验数据。
    Kinetics Analyzer是一款专业的整合平台， 支持所有微孔板实验产生的实验数据。用户只需自定义分析方案流程，就可以在几分钟内自动完成全体数据的可视化、质量检测、动力学趋势分析以及专业报告等一系列复杂的数据分析流程，完全避免了手动数据转换和处理过程所需的大量时间和可能产生的人为错误。内置先进的聚合算法支持从简单的平均值计算到复杂的曲线拟合方程的一系列统计分析方法，还可以通过开放式的API构建整合任何第三方工具。先进的互动式可视化技术使用户能在同一窗口中对一个实验或一组实验产生的所有数据同时进行可视化处理，还能随时切换特定数据点的细节信息，对整体实验的质量控制以及重复实验间的比较变得异常简单。

◆  自动质量控制
◆  优化数据分析流程
◆  强大的数据捕获和可视化平台
◆  个性化专业报告

    Assay Analyzer最高效的互动式数据质量控制和线索分子筛选平台。高通量药物筛选(HTS)数据分析从几块微孔板到几百万化合物，数据分析只需几分钟。

    Assay Analyzer 是著名生命科学软件公司Genedata专门为此开发的专业数据处理平台，操作简单，功能强大，可以处理不同筛选技术产生的任意通量数据。针对基于多孔板的各类高通量筛选数据，Assay Analyzer提供了企业级的标准化质量评测规范，自动检测并纠正各种质量问题。无与伦比的高效数据处理能力帮助用户简化数据分析流程，节省宝贵的科研时间。先进的分析算法大大的提高了分析结果的质量。独一无二的实时可视化技术在同一窗口实时展示所有数据及结果，彻底改变了传统的数据处理模式。

    Assay Analyzer人性化的操作界面极大的简化了软件的操作，用户能轻松的完成任何复杂的数据处理。标准质量控制和数据处理工作流兼容各种基于微孔板的筛选数据，实现数据处理的自动化，从而提高工作效率。此外，平台还通过多种先进的数据可视化技术为用户实时展示分析结果总汇和数据详细信息，帮助用户直观的监控数据处理进程。完全兼容各种高通量(HTS)和高内涵(HCS) 数据。支持同时处理百万级的化合物数据，并通过自动纠错功能全面提高数据验证速度。平台不仅通过互动式可视化界面为用户提供直观的结果展示，而且还通过自动化报告系统为用户撰写专业美观的数据分析报告。

◆  革命性的数据处理模式
◆  精准的质量控制算法
◆  灵活的自定义数据筛选功能
◆  强大的数据管理和交流平台

pKa:
pKa的计算插件可以用来计算离子的pKa值，对于分子中可以电离的原子数目没有限制，因此ChemAxon的pKa计算插件可以用来研究像蛋白质这样的大分子体系。

logP:
logP的计算插件可以用来计算辛醇/水的配分系数，作为分子的憎水性可以用于QSAR分析和药物设计的研究中。

构象搜索：
这个计算插件能够对于指定的分子生成稳定的三维结构，通过计算分子在分子力场下的能量的高低来确定其构型的稳定性。

在你的桌面上
    Jchem for Excel通过ChemAxon的核心技术使用的同样是enterprise Jchem chemistry的引擎，意味着你可以采用任何相关的ChemAxon的desktop或者toolkit技术，然后连接到已有的数据库，这样可以在用户开展将来工作时提供最大的灵活性。

结构搜索：
    Jchem for Excel支持Jchem所有的搜索引擎。所有的结构和搜索方式，像子结构，相似性和精确的搜索方式都是支持的。
    搜索也可以与其他相关的数据和基于结构的性质预测结果结合来进行。

基于结构的性质预测：
    一个Jchem for Excel的强大工具是支持基于结构的性质预测。对于广泛的数据性质预测类型，每个单元格可以以拖动的方式来对性质预测的范围进行布局，结果可以与Excel的功能来整合。在编辑结构的同时，基于结构的性质预测结果也同时会自动的更新。

搜索：
Jchem Cartridge支持多种的数据搜索类型：
◆    基于Fingerprint的数据库搜索加速技术，基于图片的拓扑搜索算法
◆    精确的结构，子结构匹配
◆    多种相似性搜索，包括反应相似性
◆    支持SMARTS搜索
◆    支持R-group搜索
◆    可以同时处理化学和非化学数据
◆    支持Tautomer搜索
◆    可以通过Chemical Terms来过滤数据

管理：
    Jchem Base带有用于数据库管理的GUI-JchemManager，可以通过JchemManager来创建表格，导入和导出结构文件。

灵活的数据库配置：
新的数据库能够快速的导入，结构和非结构的数据可以根据客户需要自己定制，也可以自己添加和编辑数据。
◆    多个数据库可以同时打开
◆    储存和搜索反应路径
◆    支持文本，数值，布林和日期等字符类型
◆    支持更多的数据类型，包括non-western语言
◆    支持Oracle和MySQL等远程数据库

导入和导出：
◆    支持标准的文件格式：SD，RD和Daylight smiles
◆    便捷的Export wizard来导出文件

搜索和分类：
通过使用ChemAxon的enterprise Jchem tookit，用户可以通过各种数据类型非常快速而有效的搜索化学结构。
数据和结果可以方便的通过Grid和Form Views来配置，分类和浏览。
◆    结构搜索和数据搜索可以同时进行
◆    可以基于计算插件计算的结果和Chemical Terms来过滤数据
◆    可以对多套数据一起进行结构搜索
◆    支持子结构搜索
◆    对于大量数据可以进行高速的搜索

可视化：
Grid View提供了简单的方式来浏览表格数据。Form View可以创建详细的报告，Form Builder可以帮助对多个报告进行设计和展示。

测量：
除了最先进的可视化操作界面之外，MarvinSpace还提供了分析分子结构，原子间距离，键角和二面角测量的工具。MarvinSpace对于结构的变化能够动态的更新结构的信息。

高质量的可视化界面：
MarvinSpace提供了各种常用的3D分子绘图工具。
◆    线状，球状，棍状模型与各种着色方式
◆    多结构单元视图
◆    3D结构转换

大分子的可视化：
MarvinSpace可以直接导入PDB文件。每个部分都可以选中并采用不同的着色和显示方式。对于非常大的体系（比如超过10万个原子的ribosomal RNA）可以很容易的载入，着色并可视化。

二级结构：
在MarvinSpace中可以采用不同的模式来展示蛋白和核酸的二级结构。
分子的backbone
◆    C-alpha trace
◆    对于sheets，helixes和turns的Ribbon和cartoon的显示方式
◆    各种模式都可以采用不同的着色方式。

分子表面:
可以产生4种不同的分子表面：van der Waals, solvent accessible, Connolly和blobby。所有的分子表面可以快速的计算，并且达到很高的精度。

性质投影:
分子的表面还可以通过原子和空间的性质来着色。例如，原子类型，氨基酸类型，静电势和B-factor。
着色非常的迅速，并且颜色可以很柔和的衔接起来。

分子建模：
MarvinSpace提供了创建和模拟药效团的工具。小分子与药效团的叠合可以可视化，并且进行分析。

可视化：
MarvinView可以以多种图像格式显示各种类型的结构文件，也可以产生动态的动画，从而为用户提供了高水平的，并且可以直接用于文章发表的图片。
◆     二维和三维的结构显示和动画
◆     自定义显示风格-颜色，结构形式（球状，棍状和线状等）
◆     输出的图片格式包括JPG, PNG, POV, SVG, EMF, PDF等
◆     非化学的数据，如SDF文件，也可以显示

整合：
MarvinView既可以作为独立的软件包，也可以很容易的与其他应用程序整合。
◆     MarvinView Java applet只需要安装网页浏览器和Java，就可以在内网和外网上进行使用。
◆     完全与Java和.NET整合
◆     可支持多种文件格式：MOL, MRV, SDF, RXN, RDF, SMILES, SMARTS, CML等
◆     可以显示含有多个结构的文件（SDF, RDF和SMILES）
◆     用户可以自定义插件
◆     支持复制，粘贴和拖放
◆     MarvinView可以与所有ChemAxon的应用程序联合使用，也可以与其他化学性息学的软件整合

编辑：
    MarvinSketch是一个非常直观的绘图工具，并且具有很多的编辑选项。支持多种格式的结构文件，已有的模板可以让用户添加自己的结构，或者使用模板库来简化结构，反应和绘图。

简介

        Benchware® DataMiner 为科研人员提供了高性能的化学表单环境与专业的模块以满足专业 的科研需求。可以进行化学结构、化学/生物学数据导入、合并、进行各种操作并在表单中 充分利用自己的直觉进行分析。

Benchware® DataMiner 的基础功能通过两个模块加以拓展：

HTS 模块：通过数据挖掘算法（SAR 规则）、数据可视化以及完整的 SAR 地图遍历（SAR landscape，SAR Maps）进行 HTS（高通量筛选）以及 vTHS（虚拟高通量筛选）数据的分析 工具。还包括对系列化学结构进行定义、管理、优先性排序等分析工作。

HQSAR 模块：快速、自动的 QSAR 技术建立预测性模型并对 HTS 数据分析得到的系列化合 物进行优先性排序。

基础功能

        Benchware DataMiner 的基础功能提供了化学表单、是 Benchware DataMiner 系统高级模块的 基础。高性能、感知化学的表单可以处理分子结构，使得科研人员能够交互式处理从 HTS 与 vHTS 实验中获得的海量数据。系列化学结构的识别、操作、分析工具使得用户能够从容 处理大量的化学与生物学数据。
        可以计算数据集的各种分子描述符并用来进结构活性关系研究。子结构搜寻与最大公共子结 构判定相结合可以帮助用户找出含有特定骨架或不具有有某种化学片段的化合物。研究人员 可以在 SAR 表单中查看、分析化合物数据，既可以是整个分子、也可以是骨架或 R 基 团 。 基础的功能可以帮助研究人员在药化工作中做出决策，理解生物活性与结构之间的关系。

BenchwareDataMiner 的基础功能是可以通过其它模块加以拓展或者自定义的方式加以拓展。

HTS 模块

        Benchware 的 HTS 模块提供了分析 HTS 或 vHTS 实验结果的功能。HTS 的功能是与 HTS 数 据分析科研人员一节设计开发的，满足大制药公司解决 HTS 分析过程中遇到的瓶颈与困难。

图 1、数据浏览性能

        在Benchware DataMiner 中，可以用表单、散点图、直方图、相关系数以及诸如相似性地图 与 Bull’s-eye lots 之类的高级视图对高通量筛选数据进行分析

HQSAR 模块

 

        Benchware DataMiner 的 HQSAR 模块是生成 QSAR 模型的工具。用户可以用来预测化合物 的性质或生物学活性，并将对活性重要的分子片段高亮显示。用户可以建立并利用给自己的 QSAR 模型或与其它 Benehware Dataminer 用户共享自己的模型。可以用 HTS 筛选结果得到 的系列化合物建立 HQSAR 模型，并对系列化合物进行优先性排序。

SAR 地图

 

        SAR 地图使得研究人员能够查看、浏览来自大规模 HTS，uTHS 以及 VHTS 实验的整个 SAR 场景，包括命中结构与相似的非命中化合物。SAR 地图可以以 2D 的方式查看，标注出化合 物或化合物簇比便相似的化合物会尽量聚集靠近。聚类分析、drill-down 分析、二次投影
 （reprojection ）工具可以让科研人员对检测到生物信息筛选平台上的化学信息的方方面面进 行浏览与分析。通过 SAR 地图对筛选数据的可视化分析让科研人员看清不一样化学结构类 别之间的内在关系，并以一种简单、互动的方式识别、定义出值得进一步研究的系列化合物 。
 

图 2、SAR 地图

        HTS 模块应用 SAR 地图让用户能看见高通量筛选得到全部生物信息。SAR 地图实际是相似 性散点图，其中的结果相似的化合物或类别在空间中趋于聚集。生物活性、ADME，毒性， 选择性以及其它的数据都投影到高散点图上，指导用户对指定必须具有某种性质的化合物分
组。得到性质统计用于聚类分析与地图绘制，在地图既包括活性与非活性化合物，可以让用 户很方便的判别可能假阴性与假阳性并利用高度灵敏的 SAR 鉴别值得关注的化学结构。

SAR 规则

 

        SAR Rules 技术使得科研人员能够快速地挖掘 HTS 与 vHTS 数据中结构上相关的一组化合 物，它们通常在在命中成分中高度富集。SAR Rules 描绘出筛选命中物中最具优势的结构上 相关的各组化合物，并列出出含有这样结构特征的化合物。SAR Rules 通过结构单位分析
 （Structural Units Analysis，SUA）算法生成并自动进行化合物分组。SAR Rules 可以单独使 用进行化学类别分析或辅助进行 SAR 地图绘制。SAR Rules 的使用用途还在于分析更小的化合物群组以发现导致化学性质或活性提高的结构因素。
        Benchware DataMiner 的结构系列管理工具可以用来捕捉、操作、扩增感兴趣的化合物系列。 定义出的化合物结构系列进一步用性质特征、SAR 或 QSAR 信息进行优先性排序。SAR 地 图与 SAR 规则的联合使用使得 Benchware DataMiner 成为行业中最完整的HTS 数据分析套 装。用 Benchware DataMiner 进行 HTS 数据分析可以确保为 HTS 测试中的哪些化合物值得 做二次筛选并进一步进行化学研究得出最佳的决策。
        HTS 数据分析的结果可以与其它 Benchware DataMiner 用户共享。在二次筛选确认有活性的 化合物可以建立初步的 SAR 数据集并指导进一步的合成方向。

图 3、SAR 规则

        SAR 规则数据挖掘应用可以自动的识别出活性高的化合物骨架与子结构。SAR 规则找到的 这些化合物提供了进一步进行化学研究化学结构起点。SAR 规则同时考虑了活性化合物与 非活性化合物，并可以作为 SAR 地图的辅助理解。

基础模块的特性

◆ 高性能的化学表单
◆ 结构的性质计算
◆ 化学结构管理工具
◆ 子结构搜寻
◆ 将分子结构拆解成骨架与可变 R-基团建立 SAR 表格
◆ 性质映射谱图与数据分析工具

HTS 模块的特性

◆ SAR 地图--通过全新的 PCA/NLM 方法分析筛选数据流程获得完整的 SAR 地图；支持 宏记录与回放功能。
◆ SAR 规则—快速、灵活、自动的识别结构相关的结构系列
◆ 交互式的浏览工具，分析海量的 HTS 数据以用户 SAR 地图与 SAR 规则
◆ 聚类，聚类分析与 drill-down 分析能力 化学系列扩展能力可以确定出尚未筛选到但适于包含进来的化合物

HQSAR 模块的特性

◆ 快速得到预测性的 QSAR 模型
◆ 极少量的用户输入
◆ 对活性至关重要部分高亮着色

验证

 

        基础功能与 HTS 功能是与大制药公司的 HTS 数据分析部门共同开发，这些部分一直很成功 的用于从 THS 实验中识别高质量的化学结构以进行二次筛选或进一步化学研究。HQSAR 模块是与 SYBYL 中的对应模块一致，已经得到广泛的测试、验证、使用与文章发表。

支持用户自定义

◆ Benchware Dataminer 支持自定义。有两种方式可以进行自定义：
◆ Jython 脚本：对于小的修改、比如计算新的化合物性质，或列的类型等
◆ Java 服务：对于大的自定义，比如新的数据分析模块

Benchware Dataminer 还可以通过与其它 Tripos 工具整合。更多的介绍，请与 Tripos 专业的 技术团队联系。

Benchware DataMiner 有益于您

◆ 从HTS 数据中快速识别出结果相似、具有生物活性的分子
◆ 完整的分析工具进行管理、操作、系列结构的优先性排序等
◆ 计算快速的QSAR 模型帮您进行化合物的优先性排序以及预测生物活性

优势

◆ 在整个 HTS 数据分析过程中，各模块通过统一的化学表单使用高级工具确保了研究环 境的一致性
◆ 直观的 SAR 数据视图与快速的 QSAR 技术确保可以对数据进行互动式的观察研究
◆ 对整个 HTS 筛选的 SAR 地图以及命中分子与非命中分子的信息观察，HTS 数据分析工 具以及分析过程可以识别并列系列出化合物优先次序

硬件要求

最低的系统要求是指对几万个化合物数据实现全部功能，以及对几十的化合物处理可以实现 绝大部分功能的系统要求。更大的内存和硬盘空间会获得最佳的性能以及处理更大数据库的 能力。如果小于最低要求的系统配置，会导致软件的速度与性能降低。

操作系统：

推荐：Windows 2000 Service Pack 3 或 Windows XP
最低: Windows 2000 Service Pack 3 或 Windows XP

CPU  速度

推荐: 2.0 GHz
最低：1.0 GHz

空余硬盘空间：

推荐: 2 GB
最低: 500 MB

最大的化合物数

推荐：全功能使用可以达到 15000 个化合物，基础模块可以达到 200，000-300，000 化合物 最低：全功能使用可以达到 2000 个化合物，基础模块可以达到 10，0000 个化合物

 

适用客户

 

尤其适用于高通量筛选与虚拟高通量筛选的数据处理。比如高通量筛选，他们需要决定哪些 化合物进入第二次筛选，并指导新化合物的合成方向，DataMiner  就是解决 HTS 的技术问题 而诞生的。

图 4、高通量筛选流程图

        高通量筛选会生成海量数据，Benchware DataMiner 可以用来对这些化学结构与数据进行视 图分析。流程中蓝色区是需要用到 Benchware DataMiner 的工作流程。

可视化

◆ 可以导入和导出各种化学结构并支持多种文件格式（mol2, sdf, MDL mol, SMILES, PDB等等）
◆ 可直接从RCSB晶体结构数据库中导入数据
◆ 显示药效团和3D分子提问结构
◆ 在读取PDB文件时可抽取配体进行配置和设定原子类型
◆ 可从标准化学画图工具包中直接剪切和粘贴（Symyx  Draw,  MDL  ISIS/Draw, ChemDraw）
◆ 最新水平的OpenGL图形
◆ 标准分子表现形式（线状、棍状、球棍状、球状、锥形棍状）
◆ 计算和显示分子表面和蛋白飘带
◆ 在分子表面和蛋白飘带上显示分子属性
◆ 可显示整个分子和空间区域上的电子密度和等值表面
◆ 可着重指示分子内和分子间的相互作用（碰撞和氢键）
◆ 全面的原子选择工具
◆ 硬件和并列式立体窗口的3D显示能力（包括支持Zalman LCD立体显示器）
◆ 高级显示管理器可以选择结构，生成亚群和建立模型

联系和整合

◆ 活灵活现的3D显示可导入到PowerPoint幻灯片中进行展示加深交互式的交流
◆ 在基于 Windows 的产品应用中可以实现标准的 OLE  复制和粘贴（ Word, PowerPoint, Excel, Outlook, ChemDrawTM和MDL ISIS/Draw）
◆ 会议可以保存和邮寄甚至发布到整个组织
◆ 以标准分子模建包的形式读取和写入同一种文件格式
◆ 出版高质量的图形印刷品；直接以标准图象格式保存为大尺寸高分辨率的图象
◆ 可以在分子数据上保存和添加标题和观点
◆ 可以为Benchware添加内部/外部的超连接文本标题
◆ 3D Explorer作业和个人观点都能由文本格式完全控制
◆ 可从标准化学画图工具包中直接剪切和粘贴（Symyx  Draw,  MDL  ISIS/Draw, ChemDraw）
◆ 可拖拉超文本连接（URLs）到Benchware 3D Explorer读取的文件中

科学工具

◆ 个人结构、复合物及蛋白中的配体的结构最优化计算（Tripos或MMFF94力场）
◆ 蛋白结构比对和分子分类
◆ 小分子结构刚性比对和导入后自动比对
◆ 基于模板结构的小分子柔性比对
◆ 与Symyx Draw和Chemdraw中的2D分子编辑和构建高度整合
◆ 分子性质计算

分子编辑

◆ 使用3D画图工具创建新分子结构
◆ 独立或在蛋白中编辑已有分子结构
◆ 完整的结构编辑功能：原子/官能团添加，原子/化学键类型改变，旋转化学键， 改变手性中心，自动最优化，几何测量，结构抽提等等
◆ 直观的界面——3D 编辑器的设计尽可能的与化学家常用的画图软件相似（ChemDrawTM, MDL? ISIS/Draw）
◆ 在3D编辑中快速计算Lipinski性质

发展和传输

◆ 所有的Benchware 3D Explorer功能都能接入VBA
◆ 优秀的设计和完整的对象模型能够很好地操控VBA脚本的应用
◆ 表单、图形和web浏览器组件都能接入VBA
◆ 大量的记录和重现能力
◆ 化学结构文件和其他数据例如表面、场或者VBA脚本都能从远程的机器上通过ftp或http协议加载
◆ Benchware  3D  Explorer的COM组件能接入很多外部程序语言例如Visual  Basic, C++, C#, Python和其他支持COM的语言
◆ 在整合其他应用程序时能包含ActiveX控件
◆ 支持高速VBA代码产品的VBA整合发展环境（IDE）

系统需求

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